Sam Witwicky odchází na vysokou školu, ale brzy se ocitá uprostřed války mezi Autoboty a Deceptikony. Megatron, osvobozený z vězení, a pradávný Fallen pátrají po Samovi, který má v mozku symboly vedoucí k mocnému stroji. Sam se musí s pomocí přátel a Mikaely vydat najít matrici, než ji najde Megatron.