V roce 1961 ztroskotalo vesmírné plavidlo Ark na Měsíci, nesoucí tajný náklad, který mohl změnit osud planety. NASA v roce 1969 poslala Apollo 11, aby loď prozkoumala. V současnosti Sam Witwicky, po předchozím vítězství nad Deceptikony, zjistí, že Deceptikoni skrývají na Zemi nebezpečný plán, a vydává se na Měsíc odhalit pravdu.